W
园艺作物试验示范基地建设(一期)专项-梨泛基因组测序分析
采购文件网,投标文件,招标文件,采购文件,招标范本,投标方案,自行采购 招标文件
2023-04-20发布 68页 文档编号:202304200000488679 需下载券:10
园艺作物试验示范基地建设(一期)专项-梨泛基因组测序分析

采购需求

前注:

1.本采购需求中提出的服务方案仅为参考,如无明确限制,供应商可以进行优化,提供满足采购人实际需要的更优(或者性能实质上不低于的)服务方案, 且此方案须经磋商小组评审认可。

2.服务需求一览表中:标注▲的服务项目,供应商在响应文件《主要成交标的承诺函》中填写服务范围、服务内容、服务时间、服务标准、服务承诺、单价等信息。

采购需求前附表

序号

内容

说明与要求

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

付款方式

合同签订生效后 5 个工作日内,成交供应商需向采购人提供合同价的 40%的担保函,担保期限为自送样至数据下机共 2 个月,采购人收到银行担保函后

5 个工作日内付合同价 40%的预付款给供应商;数据交付使用并完成论文投稿后,支付合同金额的

40%,剩余 20%合同款项待完成所有内容并达标后一次性付清。

备注:

(1) 成交供应商未按规定提供履约担保函的,视为放弃预付款;

(2) 预付款担保要求:如采用银行保函、担保机构出具的保函(担保机构担保)均须满足无条件见

索即付条件。

2

服务地点

安徽省农业科学院,采购人指定地点。

3

服务期限

合同生效后,720 日历日内完成。

一、需求背景

 安徽省农业科学院园艺研究所拟开展梨树泛基因组测序研究,该所提供30 个梨树品种材料。梨树基因组大小分布在0.5Gb左右,本项目针对30个梨树品质材料样本进行提取质检、建库测序、数据分析、对测得的高质量数据进行组装, 并做泛基因组分析及论文写作等技术服务。

二、服务内容与要求

 (一)基因组组装要求

★1.基因组精细图组装:

(1)完成甲方提供的多组织材料进行基因组测序

对30个样品进行PacBio HiFi(CCS)测序,单个样品测6个cell,测序深度40X以上,共获得测序数据120 Gb,保证Q30达到90%以上,保证HiFi reads准确率达到99%以上。每个cell产出的有效数据(reads片段长度>15K)应不少于20Gb。基于HIFI数据,全基因组5mC甲基化检测。

(2)完成甲方提供的多组织材料进行全长转录组测序

对30个样品进行Pacbio全长转录组测序,单个样品不低于40Gb数据量,用于全基因组基因预测。

(3)完成甲方提供的多组织材料进行二代转录组测序

对120个样品进行二代转录组测序,单个样品平均6 Gb数据量,用于多组织材料中基因表达量分析。

★2.Hi-C辅助基因组组装:

(1)完成甲方提供的多组织材料进行二代测序

利用二代测序平台进行测序,单个样品测序100X以上,获得测序数据不低于300 Gb,保证Q20达到99%以上,Q30达到90%以上,每个样品基因组二倍体组装,并组装到单倍型基因组,每套基因组95%以上的序列挂载在染色体上,Busco完整度达到95%以上。承诺组装指标Contig N50大小承诺不低于20Mb。

(二)分析要求

★针对30个梨树品种进行基因组测序组装分析,并结合组装的基因组信息完成泛基因组分析。主要包括以下分析内容:

1.常规分析:

(1)基因组调研图

(2)泛基因组组装

(3)泛基因组结构注释

(4)基因功能注释:NR、eggNOG、GO、KEGG、TrEMBL、Swissport、Pfam和InterPro注释

(5)染色体构建

(6)单倍型基因组组装

2.高级分析:

(1)基于泛基因组的梨树自然群体遗传学分析

(a)Pan-genome构建

(b)Pan-genome饱和度分析

(c)核心基因家族(Core-gene)、可变基因家族(Variable-gene)及特有基因家族(Specific-gene)分布统计

(d)基因家族饱和度分析

(e)基因家族PAV分析

(f)核心/非核心基因家族基因功能注释与富集(GO、KEGG)

(2)基于泛基因组的多态性标记检测(包含相似的基因区域和高度差异的基因区域,仅选1个refenrence)

(3)LTR分析

(4)共线性分析

(5)基于HIFI数据,全基因组5mC甲基化检查

(6)根据测序相关内容,提供论文写作、文章发表服务,发表SCI一区或影响因子10以上的论文1-2篇。

3、服务标准:

(1)服务商完成所有分析内容,并提供硬盘或云盘完成交付完整的测序数据及项目结题报告(包括质检报告)。

(2)合同周期内完成所有分析,建立该项目售后沟通微信群,由负责该项目的专业技术人员进行24小时内回复。

4、团队要求

安排专班团队从事该项目的研究;原则上团队成员不少于4人(博士至少2人),设立组长1人,联络员1人,团队人员具有泛基因组工作经验,分工合理。项目立项后,团队需提供项目执行时间表;联络员能定期(每个月)向项目单位交流项目进展,确保在规定时间内完成项目任务。

采购文件网,投标文件,招标文件,采购文件,招标范本,投标方案,自行采购 收藏

上传文档

在线客服

常见问题
人工客服

服务时间:8:00-23:00

工作电话:400 9911 877

在线咨询

意见反馈

收藏本站


AI



用AI快速编写
限免使用
采购文件网,投标文件,招标文件,采购文件,招标范本,投标方案,自行采购
支持上传解析、采购需求、评分标准、目录编写四种方式,全行业覆盖