采购需求

前注：

1.本采购需求中提出的服务方案仅为参考，如无明确限制，供应商可以进行优化，提供满足采购人实际需要的更优（或者性能实质上不低于的）服务方案， 且此方案须经磋商小组评审认可。

2.服务需求一览表中：标注▲的服务项目，供应商在响应文件《主要成交标的承诺函》中填写服务范围、服务内容、服务时间、服务标准、服务承诺、单价等信息。

采购需求前附表

一、需求背景

 安徽省农业科学院园艺研究所拟开展梨树泛基因组测序研究，该所提供30 个梨树品种材料。梨树基因组大小分布在0.5Gb左右，本项目针对30个梨树品质材料样本进行提取质检、建库测序、数据分析、对测得的高质量数据进行组装， 并做泛基因组分析及论文写作等技术服务。

二、服务内容与要求

 （一）基因组组装要求

★1.基因组精细图组装：

（1）完成甲方提供的多组织材料进行基因组测序

对30个样品进行PacBio HiFi（CCS）测序，单个样品测6个cell，测序深度40X以上，共获得测序数据120 Gb，保证Q30达到90%以上，保证HiFi reads准确率达到99%以上。每个cell产出的有效数据（reads片段长度>15K）应不少于20Gb。基于HIFI数据，全基因组5mC甲基化检测。

（2）完成甲方提供的多组织材料进行全长转录组测序

对30个样品进行Pacbio全长转录组测序，单个样品不低于40Gb数据量，用于全基因组基因预测。

（3）完成甲方提供的多组织材料进行二代转录组测序

对120个样品进行二代转录组测序，单个样品平均6 Gb数据量，用于多组织材料中基因表达量分析。

★2.Hi-C辅助基因组组装：

（1）完成甲方提供的多组织材料进行二代测序

利用二代测序平台进行测序，单个样品测序100X以上，获得测序数据不低于300 Gb，保证Q20达到99%以上，Q30达到90%以上，每个样品基因组二倍体组装，并组装到单倍型基因组，每套基因组95%以上的序列挂载在染色体上，Busco完整度达到95%以上。承诺组装指标Contig N50大小承诺不低于20Mb。

（二）分析要求

★针对30个梨树品种进行基因组测序组装分析，并结合组装的基因组信息完成泛基因组分析。主要包括以下分析内容：

1.常规分析：

（1）基因组调研图

（2）泛基因组组装

（3）泛基因组结构注释

（4）基因功能注释:NR、eggNOG、GO、KEGG、TrEMBL、Swissport、Pfam和InterPro注释

（5）染色体构建

（6）单倍型基因组组装

2.高级分析：

（1）基于泛基因组的梨树自然群体遗传学分析

（a）Pan-genome构建

（b）Pan-genome饱和度分析

（c）核心基因家族（Core-gene）、可变基因家族（Variable-gene）及特有基因家族（Specific-gene）分布统计

（d）基因家族饱和度分析

（e）基因家族PAV分析

（f）核心/非核心基因家族基因功能注释与富集（GO、KEGG）

（2）基于泛基因组的多态性标记检测（包含相似的基因区域和高度差异的基因区域，仅选1个refenrence）

（3）LTR分析

（4）共线性分析

（5）基于HIFI数据，全基因组5mC甲基化检查

（6）根据测序相关内容，提供论文写作、文章发表服务，发表SCI一区或影响因子10以上的论文1-2篇。

3、服务标准：

（1）服务商完成所有分析内容，并提供硬盘或云盘完成交付完整的测序数据及项目结题报告（包括质检报告）。

（2）合同周期内完成所有分析，建立该项目售后沟通微信群，由负责该项目的专业技术人员进行24小时内回复。

4、团队要求

安排专班团队从事该项目的研究；原则上团队成员不少于4人（博士至少2人），设立组长1人，联络员1人，团队人员具有泛基因组工作经验，分工合理。项目立项后，团队需提供项目执行时间表；联络员能定期（每个月）向项目单位交流项目进展，确保在规定时间内完成项目任务。